Контур.Эльба
Простой интерфейс, подходит ИП на УСН и патенте.
Моё дело
Широкий функционал, подходит ИП и ООО, есть тарифы для бухгалтеров.
1С:Фреш
Полная бухгалтерия на базе 1С, подходит для ООО на ОСНО и УСН.
Итог
Выбор зависит от режима налогообложения и привычки к 1С.